正子斷層造影是相當安全的檢查。其檢查用的正子藥放射曝露劑量在合理範圍以內，而且藥物本身多半屬於或近似於體內原有之代謝物，因此未曾報告有藥物過敏反應，所以幾乎不具任何危險，此項檢查於國內外臨床應用近30年罕有不良反應之文獻報告。

任何使用輻射之檢查皆有其輻射傷害之風險，譬如Ｘ光電腦斷層。然而因為這些檢查結果具有診療的益處，在權衡得失下，我們讓病患或受檢者接受這些風險極低的輻射性檢查。此外由於正子核種半衰期短，屬於低劑量率之輻射，身體對此耐受性較高因此相當安全。